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多倍体诱导会造成物种中不同基因的表达水平变化不同,以内参基因作为对照的相对实时定量PCR是检测基因表达水平变化的一种高效方法,这就需要对多倍体中的内参基因进行筛选以获得较适宜的参比基因。本研究以二倍体和三倍体牙鲆肌肉和脑组织为对象,以绝对定量及2–ΔCt等方法分析管家基因18S rRNA、β-肌动蛋白基因（β-actin）,β-2-微球蛋白基因（b2m）,3-磷酸甘油醛脱氢酶基因（gapdh）,核糖体蛋白L17基因（rpl17）,α-微管蛋白基因（α-tub）,延伸因子-1-α基因（ef1-α）和泛素结合酶基因（ubc-e）的表达水平稳定性。绝对定量分析发现18S rRNA和α-tub的表达在牙鲆二、三倍体肌肉之间有显著性差异,其他基因的表达没有显著性差异,利用2–ΔCt分析方法分析发现只有α-tub的表达在二、三倍体牙鲆肌肉之间有显著性差异,其他基因的表达没有显著性差异;在牙鲆三倍体的脑和二倍体的脑之间,这些基因的表达均没有显著性差异。综合基因表达稳定性和Normfinder分析的结果发现,ef1-α是定量分析牙鲆三倍体的肌肉和二倍体的肌肉之间基因表达差异的较适合的内参基因,α-tub、ubc-e、rpl17、β-actin只在其中一种分析方法中符合要求,而其他基因不符合任何一种分析方法的要求;ef1-α、rpl17是定量分析牙鲆二、三倍体脑组织之间基因表达差异的比较适合的内参基因,β-actin只在基因表达稳定性上符合要求,其他基因不符合任何一种分析方法的要求。本研究为分析牙鲆二倍体和三倍体同一组织之间基因表达的差异奠定了基础。 相似文献
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为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。 相似文献
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海洋球石藻Emiliania huxleyi及其特异性裂解病毒E. huxleyi virus (EhVs)在调节海洋碳、硫循环及全球气候变化中起着重要作用，也是开展真核生物病毒–宿主相互作用研究的良好模型系统之一。为了探究病毒感染条件下E. huxleyi基因表达水平的变化，以海洋球石藻E. huxley–BOF 92及其专一性裂解病毒EhV-99B1为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术，分别对E. huxleyi病毒感染组(Exp)和非感染对照组(Con)6 h和45 h的藻细胞样品进行转录组测序分析。共得到32 909条平均长度为1 153 bp的基因。病毒感染6 h和45 h分别得到2 617和5 229个差异表达基因，其中共差异表达基因465个。随机选取10条差异表达基因，采用qRT-PCR进行实验验证，结果证实转录组分析可靠。GO功能注释和KEGG通路富集，发现大量基因与氧化应激反应、脂类代谢、碳水化合物代谢及信号转导等代谢过程相关，其中变化最显著的是谷胱甘肽代谢途径。从病毒感染球石藻转录组中筛选出部分与氧化应激反应相关的基因，其中9个基因显著上调，11个基因显著下调，表明宿主能够通过体内的氧化应激反应响应病毒胁迫。 相似文献
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While prokaryotes play key roles in nutrient cycling and energy flow during Phaeocystis globosa blooms, the information on the spatial and diel temporal distribution of the prokaryotic community during Phaeocystis blooms remains scarce. In January 2019, we used high-throughput sequencing of the 16S rRNA gene to explore the spatial and diel variations of particle-attached (PA) and free-living (FL) prokaryotic communities during the blooming phase of P. globosa in Beibu Gulf, Guangxi, China. The results suggested a significant spatial variation pattern in the horizontal distribution of prokaryotic communities, while there was no significant difference in the vertical direction. Both spatial distance and environmental variables shaped the horizontal distribution of the prokaryotic community structure, while environmental variables, particularly the abundance of P. globosa colony and Chl a, showed more significant influence and were closely related to the structure and variation of the prokaryotic community. Strong vertical mixing of the water column disrupted the vertical structure heterogeneity of the prokaryotic community in winter. There were significant differences in the diel samples of PA prokaryotic communities, but not in the FL prokaryotic communities. Nitrate, ammonium and the abundance of P. globosa colony were the key environmental variables impacting the diel variations of prokaryotic communities over the sampling period. The present study provided valuable information to depict the spatial-temporal variations of the microbial community and its association with environmental parameters during P. globosa bloom in the tropical gulf. 相似文献
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Marine gas hydrate and cold-seep systems, which maintain a large amount of methane in the seabed, may critically impact the geochemical and ecological characteristics of the deep-sea sedimentary environment. However, it remains unclear whether marine sediments associated with gas hydrate harbor novel microbial communities that are distinct from those from typical marine sediments. In this study, microbial community structures thriving in sediments associated with and without gas hydrate in the eastern Japan Sea were characterized by 16S rRNA gene-based phylogenetic analyses. Uncultivated bacterial lineages of candidate division JS1 and a novel group NT-B2 were dominant in the sediments from gas hydrate-associated sites. Whereas, microbial populations from sites not associated with gas hydrate were mainly composed of Bacteroidetes, Nitrospirales, Chlamydiales, Chlorobiales, and yet-uncultured bacterial lineages of OD1 and TM06. The good correlation between the dominance of JS1 and NT-B2 and the association of gas hydrate could be attributed to the supply of more energetically favorable energy sources in gas-rich fluids from the deep subsurface than refractory organic matter of terrigenous and diatomaceous origin. 相似文献
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以市场上购买的9种水产用微生态制剂为研究对象,采用琼脂稀释法筛选其中的耐药菌株,运用微量肉汤稀释法检测分离菌株对庆大霉素、恩诺沙星、诺氟沙星、氟苯尼考、磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、四环素、土霉素、万古霉素9种抗生素的耐药性,结合聚合酶链式反应分析耐药菌株携带的耐药基因和可移动遗传元件(接合性质粒遗传标记、转座子、整合子和插入序列),为微生态制剂的安全生产与监测提供参考。结果显示,9种微生态制剂中都存在耐药菌株,100株分离菌株对除恩诺沙星以外的8种抗生素都存在不同程度的耐药, 46%的株菌同时携带氟喹诺酮类、酰胺醇类、磺胺类、四环素类、氨基糖苷类和糖肽类耐药基因,且有15株菌同时携带整合子-基因盒、质粒、转座子和插入序列,携带两种及两种以上可移动遗传原件的比例为95%。微生态制剂产品可能存在一定的安全隐患,应加强质量监测和市场监管。 相似文献
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【目的】探究功能基因在海洋弧菌物种鉴定中的作用,为海洋弧菌多样性研究以及致病性弧菌的监测和防控提供参考。【方法】根据已有的弧菌分类学研究成果,阐述16S rRNA基因、管家基因和毒力基因等相关功能基因在海洋弧菌鉴定与分类研究中的应用进展。【结果】16S rRNA基因和功能基因可用于海洋弧菌的分类学及其快速检测鉴定的研究,对致病性弧菌的诊治具有重要的意义。【结论】功能基因和16S rRNA基因在海洋弧菌菌种鉴定中的广泛应用,提高了海洋弧菌种间分类的准确性,对海洋弧菌的多样性研究以及水产养殖和人类健康的风险评估有重要价值。探索新型功能基因在海洋弧菌分类学研究和快速鉴定中的应用有现实意义。 相似文献
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文昌鱼头部cDNA文库的构建 总被引：2，自引：0，他引：2
采用cDNA合成技术制备文昌鱼头部cDNA基因文库.以mRNA为模板,用NotI primer-Adaptor为引物,在反转录酶的作用下,合成第一链cDNA,进而合成第二链cDNA.含有EcoRI和NotI粘性末端的双链cDNA在T4DNA连接酶作用下与λgt11 EcoRI/NotI臂相连,包装蛋白包装,得到噬菌体颗粒,即原始的文昌鱼头部cDNA文库.经X-Gal/IPTG板测定, 该文库滴度为7.8×105 pfu/cm3,重组率为70%.cDNA文库可直接应用于目的基因筛选. 相似文献
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中国蛤蜊（Mactra chinensis）是一种重要的经济贝类,分布于我国的辽宁和山东。近年来,生境恶化和过度捕捞导致我国蛤蜊资源量减少。我们利用Illumina Hiseq-2500平台对中国蛤蜊鳃的microRNA转录组进行测序,运用差异表达寻找对镉刺激有响应的功能microRNA。结果显示对照组获得了14 415 256条clean reads,实验组获得了15 570 111条clean reads。在这些reads中一共存在14 584 077小RNA,包括1 898 035条unique小RNA,其中对照组和实验组共有187 859条unique小RNA。两个组的小RNA文库的片段长度分布是相似的,大部分小RNA长度分布在26~27 nt。在对照组文库中最丰富的片段长度是27 nt,其次是28 nt、26 nt和23 nt。在实验组文库中,数量最丰富的片段长度是26 nt,其次是27 nt、28 nt和23 nt。经过对序列前体以及结构特征的分析,发现这两个组中一共有50个microRNA,其中已知的是38个,新发现的是12个。对照组和实验组microRNA含量最丰富的片段长度是23 nt。通过差异表达分析,5个microRNA基因具有显著性差异且从对照组到实验组的表达量是上调的,其余45个没有显著性的差异。把这50个序列与中国蛤蜊转录组进行比对,一共找到了542个靶基因。5个具有表达差异的基因一共比对到11个靶基因。把这11个靶基因与NCBI数据库比对,4个靶基因在COG中得到注释,1个靶基因在GO中得到注释,6个靶基因在KEGG中得到注释,11个靶基因在nr数据库中得到注释,注释到的基因有泛素蛋白连接酶E3,Wnt信号通路,G蛋白信号调控等。 相似文献